Theo Từ điển Phật học Việt Nam của Thích Minh Châu và Minh Chi, thì Tổ đình là chùa Tổ, chùa chính, nơi trụ trì hiện nay hay là xưa kia của Tổ sư. Tổ sư là vị sư khai sơn lập chùa, thu nhận học trò, hay là vị sư lập ra một phái tu mới.
Từ hàng ngàn năm qua, khi Phật giáo chưa có cơ cấu tổ chức giáo hội, mọi sinh hoạt Phật giáo đều dựa theo từng dòng phái, xuất phát từ bài kệ của các tổ sư. Vì vậy, tổ đình là nơi xuất phát của dòng phái, các chùa thuộc tổ đình đều đến sinh hoạt chung tại tổ đình trong những ngày giỗ kỵ, các tu sĩ quan hệ chặt chẽ với nhau theo từng dòng phái.
Dòng Lâm Tế, một dòng phái được du nhập từ Trung Quốc vào Việt Nam cũng chia thành nhiều chi phái như Lâm Tế Tổ Đạo, Đạo Bổn Nguyên, Liễu Quán, Chúc Thánh, Trí Huệ.
Dòng Tào Động cũng được truyền từ Trung Quốc sang Việt Nam, do Tào Sơn Bổn Tịch khởi đầu.
Các dòng phái này đều có bài kệ riêng. Mỗi chữ trong bài kệ dùng đặt tên cho đệ tử cầu pháp. Đặc biệt, chữ đầu của bài kệ là tên người xuất bài kệ. Ví dụ như dòng Lâm Tế Tổ Đạo, có bài kệ:
Tổ Đạo Giới Định Tông
Phương Quảng Chứng Viên Thông
Hành Siêu Minh Thiệt Tế
Liễu Đạt Ngộ Chơn Không
Chữ đầu trong bài kệ là chữ Tổ, là tên của Thiền sư Tổ Định, đời thứ 22. Dòng Đạo Bổn Nguyên, có chữ Đạo là tên của Thiền sư Đạo Mẫn, đời thứ 31, người xuất bài kệ:
Đạo Bổn Nguyên Thành Phật Tổ Tiên.
Minh Như Hồng Nhật Lệ Trung Thiên
Linh Nguyên Quảng Nhuận Từ Phong Phổ
Chiếu Thế Chơn Đăng Vạn Cổ Huyền
Vì vậy, những chùa có các Thiền sư trụ trì xuất phát từ dòng phái, phát triển tịnh xá Ngọc Phương (quận Gò Vấp) tổ đình Ni giới Khất sĩ, tổ đình Quán Thế Âm (quận Phú Nhuận), tổ đình Bửu Quang (quận Thủ Đức).
