Ở Gia Định, từ sau khi Nguyễn Hữu Cảnh thiết lập cơ cấu hành chính vào năm 1698, chùa chiền được xây dựng ngày một nhiều cùng với sự phát triển về kinh tế, văn hóa, xã hội. Khá nhiều ngôi chùa cổ được sử sách ghi chép, nhắc đến như là một bửu sát của vùng Gia Định xưa. Đó là hai ngôi chùa Kim Cương và Cây Mai.
Chùa Cây Mai, theo Louis Malleret trong L’archéologie du Delta du Mékong, Êcole Francaise d’Êxtrême – Orient, Paris, 1963 thì chùa Cây Mai có tên là Prei Angkor. Ngoài ra người Việt còn gọi là chùa Ân Tôn, chùa Mai Khâu.
Trong Gia Định thành thông chí của Trịnh Hoài Đức viết “Chùa Cây Mai cách phía nam trấn 30 dặm rưỡi, ở đây gò đất nổi cao có nhiều Nam mai, nhành cỗi rườm rà, nhưng khi hoa nở không có tuyết, chỉ có là hộ vệ mùi thơm mà thôi (…) Trên có ngôi chùa Ân Tôn, đêm đọc bối kinh, chuông mai trống chiều vang rền trong mây khói, mường tượng như ở giữa thế giới nhà Phật ở Ấn Độ. Lại có suối chảy quanh chân gò, các du nữ chiều mát chống thuyền hái sen. Gặp những giai tiết thì văn nhân thi sĩ mang bầu rượu, theo từng bậc cấp leo lên, ngâm vịnh tại nơi đầu gò, dưới gốc mai hoa cùng văn tự nồng nức mùi hương. Thật là một thắng cảnh cho người du lãm (…). Gò này xưa là chỗ chùa tháp của người Khmer, nền móng còn nhận rõ. Năm Bính tý (1816) niên hiệu Gia Long thứ 15 có thầy tăng trùng tu lại, đào lấy được ngói gạch cỡ lớn của người xưa rất nhiều, và lại đạo được hai miếng vàng lá. Tứ bề đều vuông một tấc (4 cm), mỗi miếng nặng 3 đồng cân, trên mặt chạm hình “cổ Phật cỡi voi”, có lẽ đây là vật của Hồ tăng dùng để trấn tháp đó chăng?”
Đại Nam nhất thống chí ghi lại địa điểm của chùa Cây Mai tọa lạc tại thôn Tân Long, (tổng Tân Phong Thượng), huyện Tân Long (phủ Tân Bình, tỉnh Gia Định).
Chùa Cây Mai là nơi hội họp của nhóm Bạch Mai thi xã, một thi xã nổi tiếng ở miền Nam, trong đó có Phan Văn Trị, Bùi Hữu Nghĩa, Huỳnh Mẫn Đạt…
Trước năm 1945, con đường phía trước chùa được đặt tên là Rue de Cay Mai.
Trịnh Hoài Đức cũng làm nhiều bài thơ ca tụng phong cảnh chùa. Trong đó có bài thơ viết bằng chữ Hán, mang tên Mai Khâu văn thiếu, Nguyễn Khuê dịch là Gò Cây Mai buổi chiều nhìn ra xa.
Chiều đến Gò Mai hứng gió đông,
Xa trông cảnh vắng, mắt khôn cùng.
Xóm nhà gối suối mờ cây, khói.
Đồng cỏ vang âm sáo mục đồng.
Quạ họp về cây, rời bãi trống
Trâu chờ cỡi ách, lại vùng giồng.
Trên cao mây tối giăng buồn bã,
Đứng tực ngô đồng lặng ngó trông.
Năm 1859, Pháp đánh chiếm thành Gia Định, lập phòng tuyến các chùa, gọi là Ligne des pagodes, gồm chùa Khải Tường, đền Hiển Trung, chùa Kiểng Phước, chùa Cây Mai. Từ đó chúng biến thành trại quân. Tượng Phật và pháp khí đều bị phá hủy. Để có đất san lấp kinh rạch trong thành phố, Pháp đã triệt hạ gò Cây Mai, trong đó có cả ngôi chùa. Gần đây, tại khu vực gò xưa, đã là đồn Kiểm soát Lực lượng Quân sự thành phố.
Gò Cây Mai và chùa Cây Mai nay đã không còn trên bản đồ thành phố. Nên chăng phục dựng lại một phong cảnh đẹp, là một trong 30 thắng cảnh của đất Gia Định xưa, vừa làm nơi thưởng lãm, vừa tạo môi trường trong sạch cho một thành phố đang trong quá trình đô thị hóa?
