Ni bộ Nam Việt do sư trưởng Thích nữ Như Thanh khởi xướng. Sư trưởng có tên húy là Hồng Ẩn, tự Diệu Tánh, thuộc dòng Lâm Tế Gia phổ, đời thứ 40, là đệ tử của tổ Pháp Ấn, chùa Phước Tường (Thủ Đức).
Đây là một tổ chức đầu tiên do những người ni ở Nam Bộ đứng ra thành lập, tổ chức đại hội. Sau hai ngày đại hội, đã thông qua một văn bản nội quy ni chúng bộ gồm 26 điều khoản, thành lập ban Quản trị. Trụ sở trung ương đặt tại chùa Huệ Lâm (quận 11), sau đó chuyển về chùa Dược Sư (quận Gò Vấp) và từ năm 1958, chuyển về chùa Từ Nghiêm (quận 10), điều hành chư ni từ Bình Tuy đến Cà Mau.
Sau ngày thành lập, tổ chức ni giới thực sự vững mạnh, có nội quy, phát hành vào năm 1957. Với cơ cấu tổ chức hợp lý, sư trưởng Như Thanh đã cùng nhiều sư bà trong ban quản trị tiến hành đồng loạt nhiều nội dung hoạt động phong phú, thiết thực cho việc định hướng tu tập của ni chúng bằng cách đề ra tu tập nội hướng, lấy tinh thần Giới – Định – Huệ làm giá trị căn bản, chủ trương kết hợp Thiền – Tịnh song tu. Đây là một phương pháp tu hành được đa số tán đồng, thể hiện sự thích ứng với tính chất của Phật giáo Việt Nam, là sự tổng hợp của ba yếu tố Thiền tông, Tịnh độ tông và Mật tông.
Ngoài phần nội điển, sư trưởng còn quan tâm đến phần ngoại điển, tạo điều kiện cho ni chúng sống tu kết hợp được đạo và đời, lấy hoạt động từ thiện xã hội làm căn bản. Con số 41 cơ sở ký nhi viện cho 7.123 cháu và 6 cơ sở cô nhi viện cho 1.132 cháu trong thời gian chưa đầy 20 năm là một thành quả vượt bậc của Ni bộ Nam Việt.
Trong thời gian chống đàn áp Phật giáo 1963, chùa Từ Nghiêm là tụ điểm đấu tranh của ni giới và của sinh viên Phật tử. Nhiều tấm gương tranh đấu và hy sinh cho đạo pháp, cho dân tộc được nhắc đến như nữ Phật tử Quách Thị Trang, Nhất Chi Mai đã tự thiêu tại chùa Từ Nghiêm… Sau khi thành lập Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất (1964), Ni bộ Bắc tông được mở rộng phạm vi hoạt động với danh hiệu Ni bộ Tông vụ. Vụ trưởng ni bộ là sư bà Huyền Học, sau đó là sư bà Liễu Tánh (1969), Như Chí (1972)… Sự ra đời và phát triển của Ni giới Phật giáo thể hiện nét đặc thù của Phật giáo trong người Việt ở Nam Bộ, so với Phật giáo các quốc gia láng giềng thuộc khu vực Đông Nam Á, vốn theo Phật giáo Nam tông, không có ni giới.
