Tổ chức sinh hoạt trong ngôi chùa Khmer có thể chia làm bốn loại:
Sinh hoạt tôn giáo: Định kỳ vào các ngày trong tháng, 5, 8, 15, 23, 30 tính theo lịch Khmer. Lịch này gần giống âm lịch nhưng sớm hơn 1 ngày. Hiện nay, do đời sống người dân khá bận rộn, nên chùa chỉ tổ chức lễ lớn vào 2 ngày là rằm và mồng một. Các ngày khác, chỉ có những người già mới đến chùa. Vào hai ngày sóc, vọng, Phật tử mang hoa quả, cơm nước đến chùa cúng dường.
Tổ chức nghi lễ sinh hoạt tôn giáo: Do tăng đoàn phối hợp với ban Quản trị chùa tổ chức lễ theo đúng ngày tháng mà kinh điển giáo lý đã quy định. Ban Quản trị chùa gồm có Nhôm, Vatt, còn gọi là chủ chùa, Achar là người hoằng pháp, lo việc hướng dẫn nghi lễ, sinh hoạt tôn giáo và các Vên, người đứng đầu là Mê Vên. Các Vên luân phiên nhau đi quyên góc, dâng cơm, huy động tín đồ từng Vên theo yêu cầu của chùa. Hiện nay, Nhôm Vatt được thay bằng Kanah Kamakar, hay ban Quản trị, do toàn thể tín đồ bầu ra. Thành viên ban Quản trị kiêm nhiệm nhiệm vụ của Mê Vên.
Tăng đoàn cùng ban Quản trị tổ chức lễ hội truyền thống dân tộc tại chùa. Hàng năm tại chùa đều diễn ra nhiều lễ hội như Tết dân tộc, Lễ giỗ Ông bà tổ tiên, Lễ tạ ơn mặt trăng…
Tăng đoàn giữ vai trò quan trọng trong các lễ ở xóm ấp và từng gia đình Khmer: như lễ cầu an, lễ cúng và lên Ông Tà đầ mùa mưa hàng năm, cầu xin mưa thuận gió hòa. Người Khmer mời tăng đoàn đến dự, thực hiện thủ tục theo Phật giáo, sau đó buổi chiều mới cúng cầu nguyện theo nghi thức dân gian. Ở từng gia đình, có các đám như cúng tuần, đám tang, đám giỗ, thôi nôi, cúng cầu mưa, dâng cúng lễ vật vào chùa… đều được gọi là Bôn (phước), nghĩa là làm phước. Tùy kheo khả năng tài chính từng gia đình mà chủ nhà mời nhiều hoặc ít tăng sĩ đến nhà, trong đó không thể thiếu vị Achar. Ngoài phần lo lễ cúng, gia chủ còn lo vật phẩm để cúng dường cho tăng. Khách đi đến cúng tiền, chủ nhà cũng cúng lại hết cho tăng sĩ.
Trong các chùa theo Phật giáo Nam tông của người Khmer ở thành phố, cách tổ chức sinh hoạt không khác mấy. Riêng chùa theo Phật giáo Bắc tông, những lễ hội và cách tổ chức trong chùa có khác. Phật giáo Bắc tông có thờ cả các vị bồ tát và các thần, do đó, ngày vía trong năm cũng có khác. Chùa tiến hành tổ chức nhân ngày vía đức Quan Thế Âm bồ tát vào các ngày 19.2, 19.6 … âm lịch và vía các vị Phật, bồ tát khác. Thời gian an cư kiết hạ hàng năm trong chùa cũng có sự khác biệt. Nếu như chùa Khmer tổ chức lễ an cư kiết hạ từ 15.6 đến 15.9 âm lịch, thì trong Phật giáo Bắc tông diễn ra từ ngày 15.4 đến 15.7 âm lịch.
