Ở Thành phố Hồ Chí Minh có hai ngôi chùa của người Khmer. Đó là chùa Chantarangsay và chùa Pôthiwong.
Chùa Chantarangsay tọa lạc tại 164/235 đường Trần Quốc Thảo, thuộc phường 7, quận 3. Chùa được thành lập cuối tháng 4.1947 do Hòa thượng Lâm Em và Phật tử Khmer Nam Bộ. Chùa là một trong hai ngôi, cùng với chùa Pothiwong, trở thành hai ngôi chùa Khmer duy nhất có ở Thành phố Hồ Chí Minh. Do đặc điểm của hệ phái Phật giáo Nam tông, trong chùa chỉ thờ duy nhất Phật Thích Ca với nhiều kiểu dáng khác nhau, không thờ Bồ tát và các vị thần linh. Trong năm, chùa tiến hành các ngày lễ lớn theo truyền thống Phật giáo của người Khmer như lễ tết Chol Chnam Thmay, Phật Đản rằm tháng 4, An cư kiết hạ rằm tháng 6, Vu lan, Lễ mãn hạ rằm tháng 9, Lễ Dâng y Kathina, Lễ Ok Om Bok (lễ Cúng trăng), rằm tháng 10, rằm tháng giêng, Lễ giỗ Hòa thượng Oul Srey sau ngày an cư kiết hạ nửa tháng, giỗ Hòa thượng Lâm Em ngày 8.10 âm lịch. Chùa Chantarangsay ngoài chức năng là trung tâm sinh hoạt tôn giáo, văn hóa, xã hội của người Khmer thành phố, còn là điểm cho nhiều tu sĩ Khmer các tỉnh đồng bằng sông Cửu Long lên trọ học tại các trường cao đẳng, đại học… hoặc là điểm tạm trú của các tu sĩ Khmer khi đến tham quan thành phố. Như các chùa Khmer ở đồng bằng sông Cửu Long, chùa Chantarangsay cũng lập ra Ban Quản trị chùa và Ban Trụ trì chùa. Đa số tu sĩ có quê quán từ Kiên Giang và một số tỉnh khác như Cần Thơ, Trà Vinh, Sóc Trăng, Bạc Liêu, Tây Ninh… Hiện nay sinh hoạt trong chùa có nhiều biến đổi so với các chùa Khmer vùng đồng bằng sông Cửu Long. Do nằm trong khu vực đô thị, các vị sư không thực hành việc đi bát khất thực, mà dùng tiền cúng dường của Phật tử mua thức ăn hàng ngày. Một số ít Phật tử đến công quả nấu ăn cho các sư.
Chùa Pôthiwong tọa lạc tại 1985 B Hồng Lạc, phường 10, quận Tân Bình, do tín đồ Phật giáo Khmer lập nên vào năm 1969. Chùa được trùng tu vào năm 1990. Thượng tọa trụ trì tiền nhiệm là Lâm Em. Chùa thuộc Ban Phật giáo quận Tân Bình quản lý. Trong năm chùa tiến hành hai ngày lễ lớn là lễ Phật đản và lễ Dâng y.
