Năm 1858, Pháp đem quân xâm lược nước ta. Từ năm 1860 đến 1865, nhiều ngôi chùa cổ ở Gia Định đã bị Pháp xâm chiếm, đập phá và sử dụng làm phòng tuyến, làm đồn bót. Suốt từ Sài Gòn vào Chợ Lớn, bốn ngôi chùa và đền cổ đã bị quân đội viễn chinh chiếm đóng là chùa Khải Tường, đền Hiển Trung, chùa Kiểng Phước và chùa Cây Mai. Chúng đặt tên là Lignes des pagodes, được dịch là Phòng tuyến các chùa. Sự chiếm đóng bốn ngôi đền chùa này đã trực tiếp phá hủy bốn cổ tích quan trọng đó.
Chùa Khải Tường thuộc làng Xuân Hòa, từng được phong là Quốc Ân Khải Tường. Chùa bị Pháp gọi là Pagode Barbé, vì sau khi chiếm làm đồn binh, Đại úy thủy quân lục chiến đã trấn giữ tại đây.
Chùa Kiểng Phước, Pháp gọi là Pagode des Clochetons nằm trong khu Chợ Lớn. Tài liệu của Pháp đề cập đến tình trạng chùa Kiểng Phước vào năm 1866 đã xuống cấp và chỉ còn lại vài thanh gỗ mục.
Đền Hiển Trung, nằm ở vị trí thuộc đường Cống Quỳnh ngày nay, là ngôi đền thờ các công thần xưa kia. Theo tài liệu của Pháp, đến năm 1934 đền Hiển Trung chỉ còn lại vài bức tường bị bó hẹp trong doanh trại.
Chùa Cây Mai, nằm trên ngọn đồi nay thuộc quận 11, sau khi lập phòng tuyến, chùa bị chuyển thành lô cốt, sau này trở thành nhà giam của quân đội.
Sơ đồ về phòng tuyến các chùa đã được A. Thomazi vẽ và đăng trong sách La conquête de l’Indochine, xuất bản ở Pháp vào năm 1934.
Từ năm 1860 đến năm 1880, Pháp đã triệt hạ nhiều ngôi chùa ở Gia Định. Ngoài bốn ngôi chùa, đền đã bị trưng dụng làm “Phòng tuyến các chùa” là chủa Khải Tường, đền Hiển Trung, chùa Kiểng Phước, chùa Cây Mai, chúng còn phá hủy một số chùa khác ở Gia Định là chùa Kim Chương, chùa Phật Lớn, chùa Pháp Võ, chùa Phước Hải, chùa Phước Hưng, chùa Kim Tiên, chùa Gia Điền…
Chùa Kim Chương là ngôi chùa nổi tiếng ở đất Gia Định, được thành lập vào năm 1755. Khi bị phá hủy, tượng Phật và các bài vị được chư tăng và Phật tử đưa về chùa Hội Thọ ở Tiền Giang cất giữ. Chùa Pháp Võ, chùa Kim Tiên ở Chợ Quán bị dỡ vào năm 1863. Chùa Phước Hưng, đường An Dương Vương ngày nay, bị dỡ vào năm 1864. Chùa Phật Lớn bị dỡ vào năm 1865, vị trí gần thành Ô Ma, đường Nguyễn Trãi ngày nay. Chùa Phước Hải nằm trong khu vực thuộc bệnh viện Chợ Rẫy ngày nay, chùa Gia Điền (Chợ Quán) đều bị dỡ vào năm 1865.
Từ năm 1860 đến 1865, Pháp đã triệt hạ hết các chùa lớn, chỉ còn lại các chùa nhỏ trong ngõ hẻm. Sự hủy hoại các ngôi chùa này của Pháp đã làm cho đến năm 1880 thì không còn lại dấu vết gì của các ngôi chùa này nữa.
