Một số chùa ở nước ta được Bộ Văn hóa công nhận là di tích lịch sử văn hóa hoặc là di tích kiến trúc nghệ thuật xuất phát từ một số đặc điểm nổi bật trong hoạt động của chùa có liên hệ đến văn hóa Việt Nam, đến lịch sử đấu tranh giữ nước của dân tộc hoặc có những đường nét nổi bật trong kiến trúc, điêu khắc.
Được công nhận là Di tích lịch sử văn hóa có các chùa:
Chùa Giác Lâm (quận Tân Bình) năm 1988, cấp Quốc gia
Chùa Phụng Sơn (quận 11) năm 1988, cấp Quốc gia
Chùa Hội Sơn (quận 9) năm 1993, cấp Quốc gia
Chùa Phước Tường (quận 9) năm 1993, cấp Quốc gia
Tịnh xá Ngọc Phương (quận Gò Vấp) năm 1994, cấp Quốc gia
Chùa Xá Lợi (quận 3) năm 2005, cấp Thành phố
Chùa Ấn Quang (quận 10) năm 2005, cấp Thành phố
Chùa Long Thạnh (quận Bình Tân) năm 2005, cấp Thành phố
Chùa Giác Lâm là một di tích có bề dày lịch sử, xưa nhất ở Thành phố Hồ Chí Minh, cách nay đã 262 năm.
Chùa Ấn Quang
Chùa Phụng Sơn được biết đến từ thế kỷ XIX, là ngôi chùa nằm trên thế đất cao ráo, đẹp đẽ nhất vùng đất Gia Định nhờ có hào nước bao bọc xung quanh, quanh năm nở đầy sen đỏ. Gần đây, qua việc đào thám sát, các nhà khảo cổ học còn cho biết nơi đây là di chỉ khảo cổ học quan trọng của thành phố, có dấu vết của văn hóa Óc Eo cách nay 15 thế kỷ.
Chùa Hội Sơn là ngôi chùa cổ trên vùng đất Thủ Đức, nằm bên bờ sông Đồng Nai, trong lịch sử từng là nơi tập họp, thu hút nhiều cao tăng ở vùng Gia Định, trong đó có sự đóng góp của sư trưởng Như Thanh, người thành lập Ni bộ Bắc tông ở Nam Bộ. Chùa cũng là một di chỉ khảo cổ học quan trọng thuộc nền văn hóa Đồng Nai.
Chùa Phước Tường có cảnh quan thiên nhiên xinh đẹp, lại lưu giữ được cấu trúc cơ bản của ngôi chùa miền Nam thế kỷ XVIII cùng với 53 pho tượng cổ, và 13 bức hoành phi.
Tịnh xá Ngọc Phương là trụ sở đầu tiên của ni giới hệ phái Khất sĩ, gắn liền với tên của ni sư Huỳnh Liên. Giai đoạn đấu tranh chống đế quốc Mỹ xâm lược, tịnh xá là cơ sở cách mạng để tiếp tế vật dụng, thuốc men, lương thực… cho Ban Kinh tài, Ban Văn nghệ Tây Nam Bộ, Ban An Ninh liên quận 4, Mật khu Long An, chiến khu D…
Chùa Xá Lợi là một di tích, trụ sở của tổ chức Ủy ban Liên phái bảo vệ Phật giáo, có liên quan đến phong trào đấu tranh chống chế độ độc tài Ngô Đình Diệm đàn áp Phật giáo năm 1963. Chùa hân hạnh được thờ viên xá lợi Phật nên mang tên chùa Xá Lợi. Đây cũng là nơi họp đại hội thành lập Giáo hội Phật giáo Việt Nam Thống nhất vào năm 1964.
Chùa Ấn Quang là cơ sở đầu tiên của Phật học đường Nam Việt. Hòa thượng Thích Thiện Hòa là giám đốc vừa là trụ trì chùa. Chùa cũng là trung tâm đầu não của phong trào Phật giáo chống chính sách kỳ thị tôn giáo của Ngô Đình Diệm.
Chùa Long Thạnh là ngôi chùa cổ đã từng bị tiêu thổ kháng chiến, vì là cơ sở cách mạng của hai thời kỳ chống Pháp và Mỹ. Các vị Thiền sư trong chùa như Hòa thượng Minh Hòa, Quảng Chơn, Bửu Ý đã tham gia cách mạng.
Di tích kiến trúc nghệ thuật:
Chùa Giác Viên (quận 11) năm 1993, cấp Quốc gia
Chùa sắc tứ Huệ Lâm (quận 8) năm 2005, cấp Thành phố
Chùa sắc tứ Tập Phước (quận Bình Thạnh) năm 2005, cấp Thành phố
Chùa Giác Viên là ngôi cổ tự nổi tiếng từ cảnh quan thơ mộng và cũng từ những giá trị về kiến trúc nghệ thuật. Chùa có 153 pho tượng cổ và gần 60 bao lam, đặc biệt là bao lam chạm lộng hai mặt, bao lam bá điểu tạc 100 con chim với nhiều tư thế sinh động, có tượng Giám Trai bằng gốm Sài Gòn và nhiều bao lam khác mang tính dân gian như thể hiện cây trái Nam Bộ xoài, măng cụt, mãng cầu…, thể hiện các con vật như trâu, bò, heo, dê… Đây cũng là trung tâm ứng phú của Gia Định thế kỷ XIX.
Chùa sắc tứ Huệ Lâm là ngôi chùa được phong sắc dưới thời vua Khải Định. Trong thời gian trụ trì (1965) ni sư Giác Nhẫn đã tích cực hoạt động xã hội qua việc thành lập ký nhi viện để giúp đỡ đồng bào nghèo khu vực Xóm Củi.
Chùa sắc tứ Tập Phước là ngôi chùa cổ còn giữ lại hoành phi, câu đối dưới thời vua Gia Long, một đại hồng chung từ Huế mang vào.
